SRPG로 돌아가면서 올드팬들에게는 향수를 주었고, 또 2편의 외전에서 일어났던 떡밥들을 회수했다는 점은 확실히 칭찬받을 만한 점이다.

동시대 3명의 주인공, 3개의 에피소드라고 하는 특이한 방식의 진행도 색다르다 할 수 있다. 물론 창세기전 2 에서도 각 피리어드마다 주인공이 다르긴 하나 이는 주인공보다 사건 자체에 중점을 둔 경향이 강했다. 스토리 상으로 서풍의 광시곡과 템페스트에서 발생했던 떡밥의 대부분을 회수하는 스토리로 초반에는 큰 기대를 모았다.

따라서 플레이어는 시반 슈미터 챕터의 살라딘이 카디스 침공을 하는 동안 아포칼립스 챕터의 크리스티앙은 무엇을 하고 있었는지, 또한 이들이 언제 무슨 사건으로 조우하게 될 것인지에 대해 흥미롭게 진행된다. 그리고 이 시스템의 영향으로 이후 창세기전 3: 파트 2에서 일어나는 반전의 실마리까지 제공한다.

용병 시스템이 그다지 플레이에 도움이 되지 않는다. 기본적으로 플레이어의 캐릭터의 이동력이 20에서 24인데, 용병들은 잘나 봐야 20, 마법사나 중장병같이 이동력 딸리는 용병들은 16 정도라, 한번만 이동해도 바로 뒤쳐져 공격도 제대로 못한다. 후반 가면 부스트슈즈 신고 발에 땀나게 뛰어야 하는데… 이래서는 용병이 아군 잡는다.

무엇보다도 용병 시스템의 가장 큰 결점은, 플레이어 캐릭터 사망 시 용병들이 리더를 잃고 제멋대로 논다는 것이다. 즉 개인 개인이 따로 따로 움직이면서 턴을 보내는데, 창세기전은 대대로 AI가 멍청한데다 해당 캐릭터로 경험치도 얻지 못하므로 시간만 쓸데없이 잡아먹게 되었다. 당연히 엄청나게 까였고 이건 파트 2로 넘어가면서는 플레이어 캐릭터가 사망해도 용병들이 한 무리를 지어 움직이는 걸로 변경되었다.

대부분의 플레이어는 용병 없이 천사의 목걸이 두세 개 차고 독고다이로 캐릭터 굴리는 경우가 제일 많아 정석으로 굳어졌다.

사실 진정한 용병의 존재의의는 총병 8명의 풍림화산에 있다고 할 수 있다. 이유인즉슨, 총병들은 무기 특성상 공격모션에 딜레이가 존재하지 않는데, 덕분에 위치만 잘 잡으면 적 하나를 시간차 없이 일점사하는 것이 가능하다. 이 때 만일 그 공격으로 적이 사망할 경우 동시에 공격한 캐릭터 하나하나에게 막타가 인정되어 경험치가 고스란히 들어오는데, 이론상 최대 9배의 뻥튀기가 가능하다.(총병 캐릭터 + 용병 8명) 보스급 캐릭터를 이 방식으로 잡으면 후반부에도 원킬로 레벨을 4단계 올릴 수 있다. 이동해서 때리면 당연히 딜레이가 생기므로 미리 자리를 잡아놓고 제자리에서 공격하는 풍림화산이나 유유자적 커맨드를 이용하자. 단, 사망 시 바로 시나리오 클리어가 뜨는 마지막 적 캐릭터의 경우 경험치가 들어가지 않는 경우가 많은 듯하니 어지간하면 졸개 하나 정도 남겨놓고 보스급을 잡는 센스를 발휘하는 게 좋을 것이다.

물론 제작사 측에서 이 점을 이해하고 용병 시스템을 구축했을 리... 없다. 버그에 가깝지만 나름 유용한 스킬.

이 게임은 캐릭터들의 HP가 워낙 딸려서 탱커 몇 명 없이 오래 사는 건 보장할 수 없지만(…) 역시 게임이 어려울 수준까진 되지 않는다. 대체적으로 1000대에서 시작, HP 2000 넘는 경우는 살라딘 같은 특이 케이스[4]를 제하면 드물다. 즉 적들한테 10방 정도 넘게 맞으면 주인공이라도 저 세상 갈 수 있다. HP를 높이는 스킬이 있긴 해도 그래봤자 2000도 넘을 수 없다. 루크 한센이 어째서 초일류 위자드라 불리우는지는 그 HP를 보면 알 것이다. 그런데 루크 한센은 초기 등장 시 중장 보병이라는 마법과는 전혀 상관이 없는 직업인데, 등장하자마자 전직 버튼을 눌러보면 마법사 최상위 직업인 위저드로 직업 변환이 가능한 캐릭이다. 더군다나 한 번 변환하면 다시 중장 보병으로 재변환 불가능. 덕분에 캐릭터 디자인 베이스가 중장 보병인 루크가 메테오나 문라이트 같은 전체 마법을 난사하는 웃기는 모습이 연출된다. 철가면은 예외다.

전직 면에선 '나름대로' 다양화를 추구하려 했으나 결국 정석 테크트리가 아닌 직업은 확실하게 외면받았다. 유일하게 죠안만이 취향에 따라 개성있게 키우는 게 가능하지만 그조차도 큰 메리트는 없다.

추가로 전투 맵에는 고저차가 반영되었다. 그러나 쿼터뷰도 아닌 그냥 탑뷰라서 유저가 고저를 인식하기 어렵고, 특히 마우스 커서가 고저가 겹치는 셀을 정확히 인식 못했기 때문에 한참을 헤매는 참극이 발생했다. 그럼에도 불구하고 전술적 용도는 거의 전무했다. 왜 넣었는지 알 수가 없는 시스템. 이에 대한 원성이 자자했기에 파트 2에서는 마우스가 고저를 정확히 인식하도록 수정되었다. 그러나 역시 전술적인 사용법은 이렇다 할 만한 것이 없다.

맵의 재사용이 너무 많다는 것도 문제다. 크림슨 크루세이드의 경우는 제일 심각한데 첫번째 전투가 일어나는 팬드래건 성 정문맵은 첫번째 전투, 왕성탈환, 아델라이데 요새 챕터, 총 3번이 쓰인다. 해상전 맵은 전 CD 구분할 것 없이 시나리오가 거의 공통적으로 우려먹기의 극한을 보여주고 있으며, 〈용의 심장을 가진 사나이〉 챕터에서 엘핀스톤이 처음 등장할 때의 맵은 잘 보면 과학마법연구소 챕터에서 이미 봤던 맵이다. 단순한 의미의 재사용 수준이 아니라 아예 똑같다. 다만 전투 시의 적의 배치와 아군의 배치가 어느 쪽에서 시작하느냐의 문제일 뿐. 다른 시나리오도 별반 다른 건 아니라서 나중되면 게임을 지루하게 만드는 요소로 작용하게 된다.

게다가 캐릭터를 육성해봤자 스토리에 따라 죽거나 잘리는 게 태반이므로 결국 주인공만 키우고 다른 캐릭터 턴은 불필요하게 종료만 해줘야 하는 짜증을 유발한다. 사망의 대표격인 이들은 시반 슈미터들. 또한 시스템상 문제로(…) 추정되는 이유 때문에 아포칼립스 챕터의 '프랑소와즈 사강'과 '로제 드 라시'로 대표되는 몇몇 인물들은 후에 남극대륙 챕터에서 전투에 참가가 불가능하다. 이를 두고 철가면이 위험하다며 빠질 사람은 빠지라고 할 때 정말로 빠졌다고 하는 의견도 있다. 대신에 롤랑 솔즈베리와 레오나르도 엘핀스톤이 들어온다. 한 번에 같이 이동하며 전투에 참가하는 인원수에 제한이 있어 이 인원을 넘으편 팀이 갈리게 되는데, 남극대륙 진입 시 캐릭터 수가 인원제한보다 많다. 그래서 월드맵에서의 파티 재편 없이 바로 전투에 돌입하면 뒤에 있는 캐릭터가 '본부 대기'가 되며 참가 불가.

따라서 SRPG로서는 상당히 근본적인 결점이 존재한다고 할 수 있다. 오디오, 비주얼, 스토리를 놓고 보면 국산게임의 명작이라 불리기에 손색이 없으나, 근본적으로 "뛰어난 게임"인가 하는 점에서는 긍정적인 평가를 내리기 어렵다는 이들이 많다. 새삼 말하자면 버그도 많고 캐릭터 밸런싱이나 유저 편의성에 대해서도 상당히 불친절한 면이 많다.

갑작스럽게 치명적으로 튕겨버리는 버그가 여러 차례 존재하는데,[5] 창세기전 3이 일각에서 쿠소게 취급 당하는 결정적 요인 중 하나다. 시반슈미터 챕터 1을 클리어하고[6], cd 0번에 있는 무영릉 초반 튜토리얼을 클리어하면 맨 끝에 시나리오가 하나 열린다. 딸랑 기파랑, 죤(아지다하카), 살라딘 세 명이서 무영릉을 정복하는 시나리오인데… 시나리오가 문제가 아니라 시스템 버그로 인한 큰 문제가 있었다. 그러니까 여기서 소환수인 묵호자를 얻으려면 십수 개의 스테이지를 모두 클리어해야 했고, 그마저도 끝까지 다 가서 버그로 튕겨버리는 경우가 너무나 잦은데 중간 세이브마저도 막혀 있다. 이렇게 되면 하루 종일 투자해도 소환수를 건질까말까다. 너댓 시간은 넘게 노 세이브로 한참 달리고 있는데 홀라당 튕겨버리는 사태가 발생한 횟수만큼 무영릉을 처음부터 다시 시작해야 하는 점은 지옥이 따로 없다.

심지어 패치를 해도, 분명히 무영릉에서 다시 복귀하면 스토리상 사망 이벤트가 발생하는 기파랑이 맨 마지막에 위풍당당을 쓰거나, 무영릉 내부에서 일정 스테이지에 도달하면 무조건 튕겨버리는 경우를 가진 사람도 있다. 이런 사람은 조용히 묵호자는 포기하고 천수가사나 가져가자. 사람에 따라서는 2 스테이지에서 튕겨버리는 경우도 있으며, 운이 극히 나쁘면 아이스 슬라임들의 벽 넘어 아이스 필드/휴식 난사로 인해 탈출이 불가능한 동결 루프에 빠지는(…) 경우도 있다.

심지어 창세기전 전통의 후반 3연전투도 역시 중간에 세이브가 불가능하다. 3연전의 마지막 판을 클리어하던 차에 버그로 튕기면 처음부터 또다시 해야 한다.

1월 1일날 파트1을 실행해서 세이브 파일을 로드하면 한복을 입은 세라자드가 근하신년이란 인사와 함께 나타난다.( ...)

그리고 12월 25일에 게임을 실행하면 인트로 화면에서 흐르는 배경음악이 캐롤송으로 바뀌어 나오게 된다. 음악 도입부분은 별로 바뀌지 않으니 주의할 것(...)